Der Dreißigjährige Krieg und die Folgezeit
Hundert Jahre nach dem Bauernkrieg kam für Kirche und Tal die schwere Zeit des Dreißigjährigen Krieges, vor allem in den Jahren 1632 - 1648. Johannes Schütz war der Seelsorger des Glottertales in den Zeiten des Schwedenkrieges, wie die Leute früher sagten. Damals wollte niemand die Pfarrei übernehmen. Als der Deutschorden keinen Pfarrer mehr schickte, erklärten die Glottertäler Bauern, sie würden dem Deutschorden auch keinen Zehnten mehr leisten, wenn kein neuer Pfarrer käme. Also kam schließlich Johannes Schütz ins Tal. Aber er verließ "alt, gebeugt und gebrochen von soviel Leid im Verlaufe des Krieges" im Jahre 1648 die schwer heimgesuchte Pfarrgemeinde, seine völlig ausgeraubte Pfarrkirche, sein ruinöses Pfarrhaus.
Von 1648 bis 1651 blieb das weitgehend verwüstete Glottertal ohne Pfarrer. Praktisch wurde die Pfarrei bis 1657 nur aushilfsweise pastoriert durch Freiburger Dominikaner. Als 1657 Michael Wollwenter als neuer Pfarrer, ein Weltgeistlicher, kommt, führt er Klage, dass das Pfarrhaus immer noch nicht genug repariert sei von den Kriegszeiten her. Er wohnte deshalb im damals unbesetzten Kaplaneihaus. Erst sein Nachfolger bewerkstelligte um 1666 den Neubau des Pfarrhauses. Die Pfarrkirche besaß damals nur noch einen Kelch. Erst in den 1670er Jahren besserte sich die Lage für die Bevölkerung, und der Pfarrer hielt sonntags wieder regelmäßig Christenlehre.
Nachdem sich die Menschen wirtschaftlich wieder etwas erholt hatten, drängten die Leute auf die Wiedererrichtung der Rosenkranzbruderschaft, die in den Kriegswirren untergegangen war. Man wollte sie wieder haben, weil das Glottertal "an unkatholische Nachbarschaft gefährlich angrenze". Am 21. Juni 1698 hat das Glottertal erneut die Rosenkranzbruderschaft begründet und in diesem Jahr kam es unter Pfarrer Kaspar Lützelschwab auch zur Neuerrichtung der Glottertäler Kaplanei. Der Kaplan sollte bekommen:
1.) Das alte Kaplaneihaus bei der Kirche. Die Wohnung wird aus der Bruderschaftskasse unterhalten.
2.) Einem Garten 1 Juchert groß.
3.) Aus den gestifteten Seelenmessen und aus Bruderschaftsmitteln jährlich 149 Gulden.
4.) Ausserdem mehrere Muth Roggen und andere zu dieser Kaplanei gehörenden Zehnten, ausserdem werden dem Kaplan jährlich unentgeltlich 12 Klafter Brennholz ins Haus geliefert.
Allerdings entstand aus der Besetzung der Kaplanei ein Streit, der im Dorf sehr viel Unfrieden brachte, denn der Pfarrer und der neue Kaplan verstanden sich überhaupt nicht, weil sich der Pfarrer hintangesetzt sah. Deshalb verließ er das Glottertal im Jahre 1700, womit allerdings nur kurzzeitig Ruhe einkehrte.
Sein Nachfolger war nur kurze Zeit im Glottertal, da erlitt er einen Schlaganfall und war danach völlig gelähmt. Er blieb jedoch im Pfarrhaus wohnen und war offiziell Pfarrer von Glottertal. So mussten er und sein Nachfolger das Einkommen teilen. Sein Nachfolger nahm seine Wohnung neben dem Kaplan im Kaplaneihaus, was aber zu einer großen Enge führte, vor allem, weil die Kaplanei damals auch als Schulhaus diente. Der Kaplan war zugleich der einzige Schullehrer im Untertal. Schule wurde damals allerdings nur im Winter gehalten, weil die Kinder im Sommer das Vieh hüten mussten.
Der neue Pfarrer wollte deshalb, dass sein bettlägeriger Vorgänger das Pfarrhaus räumen und ihm überlassen solle, worüber es zu einem langen Streit kam, in den sich auch mehrere Bauern einmischten. Schließlich zog der alte Pfarrer nach Freiburg, wo er kurz danach starb. Kaum hatte der neue Pfarrer das Pfarrhaus und die Pfarrscheuer neu gebaut, da rückten die Franzosen an. Am 20. September 1713 kam er erneut zur Plünderung durch französische Heere. Das Pfarrhaus wurde ausgeraubt und verwüstet, die neue Pfarrscheuer geplündert, die Kirchenuhr geraubt, den Kirchturm und der Chorraum angezündet, nachdem man die 15 Zentner schwere Glocke weggenommen hatte, und sonst im Dorf barbarisch hauste. Dabei gingen die Pfarrbücher erneut verloren. Diese Aufregungen brachten dem Pfarrer schließlich den Tod. Er erkrankte "am hitzigen Fieber" und starb am 18. Januar 1714. Der Kaplan war geflüchtet. Zu allem Kriegsunglück grassierte im Tal das ungarische Fieber und es herrschte eine schreckliche Hungersnot. Pfarrer Josef Meid, der als Nachfolger im Alter von 27 Jahren im Glottertal seine erste Pfarrstelle antrat, musste in ein völlig verwüstetes Pfarrhaus einziehen und beerdigte allein im Jahr 1714 über 90 erwachsene Tote, das waren etwa 15 Prozent der gesamten erwachsenen Bevölkerung.
Als es um 1720 wirtschaftlich wieder aufwärts ging, galt die Sorge von Pfarrer Meid der weitgehend zerstörten Kirche. Er bewerkstelligte im Jahre 1722 eine weitgehende Erneuerung der Kirche. Die alte Kirche war nicht nur weitgehend zerstört, sondern für die stark wachsende Bevölkerung auch viel zu klein, denn das Glottertal zählte inzwischen etwa 1000 Einwohner. Das Langschiff der 1458 errichteten Kirche wurde abgerissen und neu aufgebaut. In den Kirchenbüchern steht: "Alle boten einmütig ihre Hilfe an, sowohl mit Fuhr als mit Handfrohnden. Für je einen Wagen Stein oder Sand wurde ein Maas Wein und ein Stück Brot gegeben. Die, welche Handfrohnden leisteten, erhielten ein kleines Frühstück, sowie Mittagessen mit einem Schoppen Wein". Beim Aufrichten, das blieb das einzige Bauunglück, fiel der Kirchenpfleger Lorenz Scherzinger von Föhrental (wahrscheinlich der Käppelebur) vom Dach auf den Gottesacker heran, "zum Verwundern fast unverletzt, ohne ein Bein zu brechen" In drei Wochen war er wieder ganz geheilt."
Gemäß einem Gelübde stiftete 1727 ein Glottertäler einen Altar zum Ehren des hl. Josef, des hl. Sebastian und Rochus. Der Engelwirt Fackler ließ auf seine Kosten einen Muttergottesaltar errichten. Die neue Kanzel bezahlten 1728 der Hartererbur Martin Reichenbach und seine Frau Anna geb. Schurhammer. Zwei neue Beichtstühle wurden 1729 an den Seiten des Hochaltars aufgestellt, geziert mit den Statuen des hl. Johannes Nepomuk und des hl. Petrus. Die erstere Statue kam 1859 nach Ohrensbach zu Andreas Herbstritt auf den Scharbachhof, die zweite nach Föhrental zu Josef Scherzinger auf den Tritschlerhof, wo sie heute noch in der Scheunen- bzw. Hauswand stehen. Einer der Seiteneingänge hatte einen Vorbau, den man Wiberhisli nannte, weil sich dorthin die Frauen zu Beginn der hl. Messe stellten.
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